Pues en cuanto a diferencias técnicas creo que no hay ninguna, ya que los dos serían archivos en formato ASCII y se leen exactamente igual a la hora de incrustarlos en otra página mediante Include.
La verdadera diferencia está a la hora de trabajar con ellos, ya que al tener extensiones distintas te permitirá separarlos mejor unos de otros. Pero sólo como ayuda en la organización del trabajo y ubicación y estructura de los directorios.
Bueno, ahora que lo pienso puede que sí haya un diferencia importantísima
aunque no lo he comprobado. Un archivo con extensión INC se puede bajar directamente del servidor si se conoce la ruta y si este contiene código ASP se podrá ver desde el código fuente, ya que el servidor no lo procesa previamente por defecto, habría que indicarlo en las opciones de configuración del servidor. Si el código ASP contiene líneas que no deseas mostrar a los usuarios, puede que sí sea un problema.
Esperemos que alguien los sepa mejor.
Un saludo.