Cita: , mira, de mi intranet varias páginas se cuelgan a bd de mysql
Tus scripts PHP son los que conectan a tu BD usando cierto usuario de Mysql ( y siempre el mismo).
Tu lógica es la gestiona las acciones que pueden hacer en tu aplición y que esta a su vez hagan consultas u otras acciones a tu BD (pero siempre en última instanacia es el "usuario de Mysql" el que por médio de tu mysql_connec() es el que accesa a tu BD físicamente).
Ahora . .tu estás usando "otra" aplicación que es "phpMyadmin" como "GUI" (graphical user interface) para Mysql .. como "aplicación" que es tiene sus própios sistemas de autentificación. Puede ser por HTTP donde se te pedirá un usuario de Mysql para ingresar; ejemplo: root y sin contraseña (si es que lo usas así), o cualquier otro usuario que definas. Pero, también tiene otros dos médios de autentificación: Uno "automático" (el config) que asume cierto usuario para conectar sin pedir contraseña alguna .. y "cookies" que se te pedirá usuario/contraseña de Msyql pero el seguimiento del usuario es por "cookies" .. así que podrás acceder nuevamente desde ese cliente (PC/navegador) en un tiempo más (hasta que expire la cookie que crea que no sé donde se determina su tiempo).
Un saludo,