Yo tenia ese problema cuando utilizaba iFrames, creo que puede ser lo mismo con los marcos.
Los archivos si no me equivoco tienen en la primera linea esto
Código PHP:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Borra esa línea y la barra de desplazamiento inferior desaparecerá.
