¿Entonces lo que buscas es un "GUI" (Graphical User Interface) para Mysql .. ?
Si es así tienes muchos:
phpMyadmin (escrito en PHP- Multiplataforma)
www.phpmyadmin.net
Mysql Front (para windows, gratuito)
http://www.mysqlfront.de/
Navicat (para windows, comercial pero .. excelente)
www.navicat.com
Y para Linux también hay más GUI .. incluso en Java ...
Un saludo,