PHP limita los datos que gestiona .. ya sea del archivo a subir (peso) como de lo que puede gestionar por "POST" en general (tus archivos + datos planos como los campos de un formulario).
Todo esto lo indica en el php.ini
Pero, por el error que describes .. el problema es de cofiguración de Apache pues, este también limita los datos que gestiona.
Lee este mensaje:
http://www.forosdelweb.com/f18/problema-subir-archivo-215775/
Un saludo,