Pues según la documentación oficial de PHP .. al parecer la sintax es correcta .. pero, te faltaría indicar una ruta completa (absoluta) a ese script concreto/código a insertar:
http://www.php.net/manual/en/configuration.changes.php
(fijate en el detalle que se refiere a PHP instalado como módulo de Apache ..)
Luego tendrás que ver si realment esa directiva la puedes modificar de esa forma:
http://www.php.net/manual/en/function.ini-set.php
Al parecer si puedes:
auto_append_file -> NULL ->
PHP_INI_PERDIR* *PHP_INI_PERDIR Entry can be set in php.ini, .htaccess or httpd.conf
Un saludo,