Para Yahoo (la cual prefiero) uso un utilitario gratuito llamado
yahoopops y para Hotmail el
Hotmail Popper pero es de pago.
Una alternativa gratuita para bajar correos de hotmail es utilizar el
Foxmail. Un cliente de correo que te permite configurar cuentas de hotmail y utilizandolo con el yahoopops, podrías también revisar las de yahoo. Este software no o he probado pero tiene mucha aceptación.