Ejecutar si que puedes ..
vía funciones exec() .. system() y afines .. Pero esta "ejecución" se refiere a un comando en "consola" (shell) .. Es decir .. ejecutar aplicaciones que se puedan llamar por "línea de comandos" y estás no tengan ninguna interacción con el usuario. A lo máximo al terminar el proceso dar algún tipo de mensaje que puedes obtener con esas funciones.
www.php.net/exec
Por otro lado si PHP (tu servidor) corre bajo Windows .. puedes usar las librerias:
COM
www.php.net/com
Con eso podrás interactuar más con aplicaciones windows.
Un saludo,