Se supone que con el Nero tienes que grabarlo con la opción de grabar imagen y seleccionando el CUE, así debería funcionar.
Lo que dices del winiso y que la peli se ve mal puede ser normal, es porque el archivo que tú sacas de la imagen está modificado para ser grabado en modo 2 y por eso pueden producirse los fallos. Para que puedas verlo bien tienes que deshacer los cambios con el programa DAT2FILE... O bien grabarlo a CD.
Saludos