ok. De las dos formas se puede, nada más guardas los archivos en la misma carpeta, por ejemplo yo, tengo una carpeta dentro de wwwroot que se llama Foro, pero cuando mando a llamar lo hago
http://localhost/Foro/pagina.asp
y me funcionas los includes, y los guardas en wwwroot, también. Bueno a mí no me ha dado problemas hasta hoy.
Suerte.