PHP es así ..
PHP no devuelve el control al script (tu programación y por ende tu salida al buffer de salida de PHP) hasta que termina el proceso.
Podrías usar:
Código PHP:
<img src="tu.gif">
<?
// Forzar a enviar todo lo que tenga PHP en su buffer de salida en este punto
flush();
//tu proceso con tu BD y bucle
echo "Terminé";
?>
y abrir ese proceso (script.php) en un popup a ser posíble.
Un saludo,