Si no pones el código que usas .. y nos explicas como propagas el SID (en tu aplicación y configuración de PHP) .. poco se puede ver que puede suceder.
Sólo te recuerdo que las sesiones (variables) sólo quedan disponibles (su nuevo valor) hasta la próxima petición al servidor: recarga de página .. link que mandes a otra página .. etc. Parece que te falta un redireccionado automático al final de tu proceso que actualizas la variable(s) de sesión que estás trabajando tipo:
Código PHP:
header ("Location: nosedonde.php");
exit;
Un saludo,