Puedes controlar el tiempo de ejecución para tus scripts usando la función:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
Así le dás más segundos para la ejecución de tu script (si realmente necesita de tanto tiempo de ejecución .. por qué si no es así deberías revisar las rutinas que usas/lógica).
El error que se proboca es "Fatal" .. no sé hasta que punto podrías controlarlo usando las funciones:
http://www.php.net/manual/en/ref.errorfunc.php
(me parece que los errores fatales como ese no se pueden controla .. de todas formas investiga y prueba .. y así nos comentas que tal te fué).
Un saludo,