Lo siento pero ya no tengo el xsd ya que cambié el esquema para almacenar todos los valores en etiquetas y evitar posibles fallos. De todas formas te pongo aquí un pequeño ejemplo de lo que debía hacer.
(Este era el fichero original)
digraph G {
size ="4,4";
main [shape=box]; /* this is a comment */
main -> parse [weight=8];
parse -> execute;
...... (más)
(El fichero xml que almacenaba esto era)
<?xml version="1.0"?>
<PROGRAMA xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:noNamespaceSchemaLocation="xdot.xsd">
<GRAFO>
<Strict>false</Strict>
<Tipografo>DIGRAPH</Tipografo>
<Nombregrafo>G</Nombregrafo>
</GRAFO>
<STMT_LIST>
<ID_STMT>
<Tipo>size</Tipo>
<Valorid>"4,4"</Valorid>
</ID_STMT>
<NODE_STMT>
<Nodo>main</Nodo>
<Valor>shape=box</Valor>
</NODE_STMT>
<EDGE_STMT>
<Origen>main</Origen>
<Destino>parse</Destino>
<Valor>weight=8</Valor>
</EDGE_STMT>
.... (más)
(El esquema que diseñé fue)
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!-- edited with XMLSPY v2004 rel. 3 U (
http://www.xmlspy.com) -->
<xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" elementFormDefault="qualified">
<xs:element name="PROGRAMA">
<xs:annotation>
<xs:documentation>Elemento inicial del esquema</xs:documentation>
</xs:annotation>
<xs:complexType>
<xs:sequence>
<xs:element ref="GRAFO"/>
<xs:element ref="STMT_LIST"/>
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
<xs:element name="ATTR_STMT">
<xs:complexType>
<xs:sequence>
<xs:element ref="Tipo"/>
<xs:element ref="Valor"/>
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
<xs:element name="Destino" type="xs:string"/>
<xs:element name="EDGE_STMT">
<xs:complexType>
<xs:sequence>
<xs:element ref="Origen"/>
<xs:element ref="Destino"/>
<xs:element ref="Valor" minOccurs="0"/>
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
<xs:element name="GRAFO">
<xs:complexType>
<xs:sequence>
<xs:element ref="Strict"/>
<xs:element ref="Tipografo"/>
<xs:element ref="Nombregrafo"/>
</xs:sequence>
</xs:complexType>
</xs:element>
.... (falta más)
Reconozco que hay mejores formas para almacenar la información pero ésta sirvió para lo que quería.
A un compañero le pasaba lo mismo con la validación así que por eso llegué a esa conclusión. De todas formas no te preocupes ya que "este problema" no era de gran importancia.
Gracias por toda la ayuda prestada.
Un saludo.