como sucede usualmente, la respuesta se encuentra en la documentacion de PHP
http://mx.php.net/manual/en/function.fgets.php
claramente indica que en tu caso, va a leer 1024bytes, que al parecer solo le alcanzan para una linea.
Ahi mismo en la documentacion, vienen ligas en un menu en la parte izquierda, de diversas funciones de archivo.
http://mx.php.net/manual/en/function.file.php
esa funcion te devuelve linea por linea, en un arreglo, y listo, buscas con un for o un foreach
un saludo