Prueba utilizar
http://www.sysresccd.org/, tiene una herramienta llamada partimage que permite hacer imagenes tanto de windows (incluido NTFS) como linux (reiser, ext3, etc.)
Otra alternativa es el Norton Ghost, pero hasta donde recuerdo solo es para las particiones windows.
Aunque recuerda que SATA requere de dirvers para funcionar, de manera que el cambio no será tan transaparente como quisieras