Cita: PD: Hola Cluster, espero que cuando leas esto tengas alguna ayudita debajo de la manga
Justamente Linux no es mi fuerte .. Pero, como ya te ha comentado ArrauKano necesitas instalar SSL para Apache. Eso sería para hacer segura la conexión de tus clientes-servidor (HTTP) .. donde llamarías a tus páginas seguas bajo "https://" .. A todo esto, tendrás que crear un certificado SSL.
Si desde PHP que corre en Linux, .. te conectas a Mysql (servidor) (mysql_connect("IP/nombre PC windows","usuario","password") que corre en otra máquina .. tendrás que hacer el "tunel" SSH para Mysql .. Esto último lo describe en este tutorial:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=12
Un saludo,