Hola, Personalmente estoy ocupando el flashFXP
http://www.flashfxp.com/ y me ha dado resultados excelentes. selecciono todo lo que quiero subir (html, gif, jpg, php, css, etc.) en sus respectivas carpetas, que en total superan los 2mb y me lo deja todo tal cual en el servidor.
Quizás las rutas no están bien definidas o las carpetas que subes no contienen los archivos necesarios.