Cita: Uno es q cuando yo pulso en uno de esos enlaces del pop up, me muestra el resultado en el mismo pop up y yo querría q me lo mostrara en la ventana desde donde yo abrí el pop up
En HTML tienes para los links el "target" para definir en que ventana/frame/iframe se "cargará" lo que llames (URL) y vía javascript tienes la propiedad "opener" por si tu ventana "padre" no tiene nombre al cual referenciarse (que será lo que te va a ocurrir probablemente) .. Visita el foro de Javascript para te orienten al respecto.
El resto de problemas con CSS o HTML en general . pregunta en el foro apropiado (adjuntando el código HTML/CSS/javacript que uses .. para que lo evaluen).
Un saludo,