Hola Jani
Cita: es necesario que en mi servidor web este corriendo .net framework? Otra
Así es.. tu server debe tener instalado el framework.
Cita: solamente tengo que copiar en mi servidor los archivos que necesita mi aplicación,
Si estas usando VStudio solo basta con que copies tus aspx,ascx,config y las dll´s que vayas a ocupar..(las de tu proyecto) no necesitas copiar tus archivos .vb, .cs, (ya que están en la dll) ni vbproj, vbproj.user, suo, sln..etc.
Cita: mi aplicación realiza consultas a base de datos, no tendre problemas con mi cadena de conexión.
No debes tener problemas.. de todas formas es recomendable guardar en tu archivo web.config tu o tus cadenas de conexion por si necesitan ser modificadas.
Espero haber sido claro.
Salu2