hola,primero que no deberias poner la bd en un directorio en donde se pueda descagar, pero sino se puede..., se puede bloquear siempre que el IIS lo ejecute dentro del .NET, que el IIS tenga mapeada la extension mdb para ejecutar en .NET
aqui hay un ejemplo en donde se explica esto, del mapeo y dar permisos para ciertas extensiones
http://aspnet.4guysfromrolla.com/articles/020404-1.aspx