Yo no entendí bien... parece ser que lo que quieres es que cada vez que se seleccione un checkbox se actualice la BD... no tienes un boton de "submit"??
Si es lo primero... no se puede así como así... lo tendrás que resolver por JavaScript pa que el evento de checkar, haga el submit implicando una recarga de página (o si no quieres recarga puedes utilizar técnicas de "remote scripting").
Si es lo segundo, puedes hacer lo que te dice Cluster... o, si no son muchos checkbox, puedes actualizar todos los campos del registro, poniendo CERO a los que no aparezcan (quiere decir que no están marcados) y UNO a los que aparezcan.
Al decir actualizar todos, me refiero a hacer casi lo mismo que al crear el registro con INSERT, pero con el UPDATE.
Ahora... si hay muchos checkbox, mejor será sólo actualizar los campos que hayan cambiado de estado.
Saludos
