Hola
Bueno, hay multitud de aplicaciones buenas, como siempre es un tema de opiniones.
Dos de las que he probado y que más me han agradado son:
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FileZilla
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SmartFtp
La verdad es que desde hace tiempo dejé el smartftp para quedarme con el filezilla por ser más ligero, es decir, gastar menos memoria y dar menos problemas, así como ser de código abierto, lo que garanriza una mayor rapidez a la hora de solucionar cualquier fallo que tenga.
Felicidad