puedes usar capas, coloca el menú en un div:
<div id="alto"><select....></select></div>
<codigo del flash
y con CSS le das estilo y le dices con absolute position el lugar exacto en donde quedará. Y para cerciorarnos de que el otro no moleste puedes colocarlo en una capa de más abajo.
Para saber más de capas visita el foro de CSS y Javascript
Espero que te sirva