Estás confundiendo cosas ...
Mysql es cierto que fué "sacada" del núcleo de PHP (problemas de licencias), pero igualmente se puede seguir instalando .. eso sí; como extensión de PHP y otros detallitos que se mencionan en este mensaje:
http://www.forosdelweb.com/f18/instalacion-php-5-0-sobre-win32-manual-apache-2-50-a-217240/
Por otro lado tienes el soporte en su núcleo (de PHP) de las extensiones:
SQL Lite (
http://www.php.net/manual/en/ref.sqlite.php) (que no es igual a MySQLi) y que es otro "motor" de BD mas simple que Mysql (y que se basa en archivos de texto plano) pero que se puede "consultar" por SQL (más limitado del juego ANSI nosecuantos que usa Mysql ...).
Y ambos son independientes y no excluyentes .. puedes tener Mysql y SQLite sin problemas funcionando simultáneamente.
Un saludo,