Bueno .. puedes empezar por hacerte un phpinfo() y ver tu mismo si están trabajando en "safe mode" o bien sólo han limitado ese tipo de ejecución de comandos (supongo que usabas exec() o similar para lanzar tu comando?)
En tal caso puedes usar SQL y sus funciones:
LOAD_DATA_INFILE
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/LOAD_DATA.html
que se lanzan desde PHP como cualquier otra consulta SQL vía: mysql_query() (previa conexión a tu BD . etc ..)
Un saludo,