¿Que version de PHP tienes? Porque he visto en el manual que existe una directiva que controla el tiempo de la entrada de datos: max_input_time (
http://www.php.net/manual/en/ref.inf...max-input-time). Pero no se a que versiones corresponde. Por defecto esta a 60 segundos.
Y mirando por Google el IIS si limita el tiempo de ejecucion de los script. Creo que se llama "CGI script timeout". Ya te digo que no manejo IIS, asi que ni idea de donde se cambia (busca en su ayuda o en las paginas de M$). Creo que por defecto esta en 300 segundos.
Suerte.