Hola
Si cambias pixeles por porcentajes, debes cambiar también las cifras, por ejemplo, si tu pantalla es de 800 x 600 y haces un diseño de una capa que ocupa más o menos la mitad, cuando la pongas en pixeles has de ponerla así width="400" si la pones en porcentaje, debes ponerla así width="50%".
De las dos, la que pusiste en pixeles,siempre tendrá el mismo tamaño, no importa la resolución de la pantalla, con lo que, por ejemplo, en una pantalla de 1024 de ancho, ocupará más o menos un 40%, mientras que la capa que definas mediante porcentajes, ocupará siempre media pantalla, no importa con que resolución se vea.
Tomando una pantalla de 1024, el ejemplo que pones sería así:
<div id="Layer3" style="position:absolute; width:36%; left: 55%; height: 4%; top: 31%;">
Los valores no son exactos, pero si muy aproximados.
Por cierto, te diré que la altura es una propiedad un poco truculenta dado que los navegadores no siempre la aceptan de la misma manera.
Felicidad