masomenos.. tendrías dos directorios donde recidan los archivos. Para ASP unidad:\inetpub\wwwroot\ y para el otro otra ruta (no tengo idea de cuál será)
Lo que si, si querés tener los dos servicios http corriendo al mismo tiempo, uno deberá estar en el puerto 80, que es el predeterminado, y el otro en otro puerto (usualmente le colocan 8080). Entonces accedés al IIS mediante
http://localhost/ y al otro mediante
http://localhost:8080/