Hola Poul22... creo que lo que tendrias que poner es:
var tabla = "<table bgcolor=#FFFFFF><tr><td>Aguas territoriales.</td><td><input name=\"boton\" type=\"button\" id=\"boton\" onclick=\"eliminar('Aguas territoriales.', 'Materia');\" value=\"Eliminar\"></td></tr><tr><td>Derechos sobre las aguas.</td><td><input name=\"boton\" type=\"button\" id=\"boton\" onclick=\"eliminar('Derechos sobre las aguas.','Materia'); value=\"Eliminar\"></td></tr></table>";
Creo que lo que a lo que se refiere Caricatos es lo de las \" de dentro de la cadena
SUERTE.