Lo más sano es que uses un "Cron Job" o "Taréa programada" para ejecutar tu script PHP que ya hace ese proceso (de lectura del archivo y creación de tus registros en tu BD) al intervalo de tiempo que definas en ese "Cron Job" (linux) o "Taréa programada" (Windows).
La programación de tu script que se ejecute bajo "Cron Job" o similar sería recomendable que fuese bajo "CLI" (Command Line Interface) aunque podrías usar el mismo que ya usas también.
http://www.php.net/features.commandline
Un saludo,