Espero que funcione, no lo puedo probar ahora, pero pienso que esta ok.
Código PHP:
<? session_start();
echo "<script language='Javascript' type='text/javascript'>";
echo "function ventana(){";
echo "window.open('agregar_contacto.php?=".$id."','target','toolbar=0,scrollbars=1,resizable=0,location=0, directories=0,status=0,, menubar=0, width=405,height=400,left=100,top=200');";
echo "}";
echo "</script>";
?>
Saludos