Yo haría lo siguiente, el link lo direcciono al CGI como ser:
<a href="mi_script.pl">download</a>
Ahora en el script haces:
Código:
#!usr/bin/perl
open(DATABASE,"<contador.txt");
my $numero = <DATABASE>;
close DATABASE;
$numero++;
open(DATABASE,">contador.txt");
print DATABASE "$numero";
close DATABASE;
print "Location:http://www.midominio.com/miarchivo.zip";
exit;
Es un ejemplo simple como para que se entienda... en el archivo.txt debes colocar solamente el número en donde quieres que empieze la cuenta como ser 0
Espero que te sirva, Saludos
PD: Es eso lo que necesitabas?