Hola
No estoi muy seguro de lo que quieres hacer, pero con php y los permisos necesarios (user) puedes hacer lo mismo que con un cliente convencinal, creo aver visto algun webftp por ahi en php.
Mira en
http://es.php.net/manual/es/ref.ftp.php para saver las funciones y algun ejemplo sencillo.
Suerte