Puede ser porque hayas puesto sólo un slashback para la representación de las subcadenas en la expresión regular?
Código PHP:
$urlRemplazarArray = array("\1[url]\2\4[/url]",
"[url]\1\3[/url]"
);
$emailRemplazarArray = array("\1[mail]\2[/mail]",
"[mail]\0[/mail]"
);
No entiendo mucho de expresiones regulares y lo mismo estoy diciendo una tontería pero creo que para posicionar subcadenas hay que anteponer al numerito un doble slashback...
Código PHP:
$urlRemplazarArray = array("\\1[url]\\2\\4[/url]",
"[url]\\1\\3[/url]"
);
$emailRemplazarArray = array("\\1[mail]\\2[/mail]",
"[mail]\\0[/mail]"
);
Por lo demás no sé, a ver si tenemos suerte y es eso, sino ya no sé.
Yo tengo una especie de parseador de bbcode para que convierta urls y mails en su correspondiente HTML pero le puse unos códigos que usan los foros phpbb (en la función includes/bbcode.php por si lo quieres hojear) que simplemente sustituyen el mail por un <a href="mailto:...etc:
Código PHP:
$campo = preg_replace("#(^|[\n ])([\w]+?://[^ \"\n\r\t<]*)#is", "\\1<a href=\"\\2\" target=\"_blank\">\\2</a>", $campo);
$campo = preg_replace("#(^|[\n ])((www|ftp)\.[^ \"\t\n\r<]*)#is", "\\1<a href=\"http://\\2\" target=\"_blank\">\\2</a>", $campo);
$campo = preg_replace("#(^|[\n ])([a-z0-9&\-_.]+?)@([\w\-]+\.([\w\-\.]+\.)*[\w]+)#i", "\\1<a href=\"mailto:\\2@\\3\">\\2@\\3</a>", $campo);
En fin saludos lamento no poder ayudarte más.