Mira lo yo he hecho; convierto los videos .avi a gif por medio del Gif Construction Set y al convertirlos les puedo cambiar la calidad y todo eso, ademas de que quedan todos los fotogramas uno detras de otro.
Lo que podrias hacer es convertir los dos videos a gif y seleccionar lo que necesites pegar como quieras, luego al tener tofo pegado en .gif los vuelves a pasar a .avi y ahi esta tu video.
El Gif Construction Set lo puedes bajar de:
<a href='ir.asp?http://www.udistrital.edu.co' target='_blank'>http://www.udistrital.edu.co...</a>
Este es el site de una universidad mira en el index el enlace a descargas de software y ahi esta el programa que ocupa 4 Megabytes.
Recomendacion: yo he convertido archivos hasta de 4,5 Megabytes, y debes hacerlo en una maquina que tenga al menos 64 Megas de RAM.
Saludos