UPDATE "selectivo"

[Cluster]

Podrías combinar algo de javacript también como para que si un dato cambia de ese "registro" (grupo de inputs para ese registro) .. cambies el valor de ese "checkbox" o incluso un campo hidden asociado para que puedas ir a actualizar a esos "ID's" que contendrá tu array de checkbox o campos hidden ..

Yo realmente .. por mi parte actualizo todo, suelo paginar ese tipo de cosas donde ofrezco pocos registros a actualizar (15? o menos?) así que no me preocupo de eso, todo depende de tu própia aplicación y el volumen de veces que estimes oportuno que vas a realizar esas acciones de actualizar. De todas formas piensa que de una u otro forma hay un proceso de PHP por médio + SQL balanceado hacia más carga para PHP (caso de esa sesión y demás lógico que te planteaba en principio) o es más SQL en el caso de actualizar todo sin más.

Un saludo,