Ok, debes conectarte por FTP a tu site.
Luego te paras sobre la carpeta en cuestión y le das botón derechoa al mouse. Hay una opción que dice CHMOD. Le das click.
Te mostrara una pantalla con por lo menos 6 checkbox. MArcalos todos y le das OK o Aplicar.
Eso debería ser suficiente.
Pero te recuerdo que eso lo vas hacer con las carpetas y con una que otra imagen.
Para colocar el CHMOD a los archivos que subes por la aplicación, debes modificarles el CHMOD una vez que eten arriba con el mismo php. Búscate la función en
www.php.net
Suerte