Siempre es más conveniente almacenar datos en una base de datos, estos sistemas son creados para eso y tienen ventajas de seguridad, acceso a datos y quizás algunas más, el uso de archivos de texto para guardar algunos datos, en general se aplica a servidores que no tienen instaladas bases de datos o no permiten usarla. También podría darse el caso de información no demasiado importante. De todos modos hay muchísima información en la web al respecto y podés consultar las faqs de bases de datos o simplemente usar la búsqueda del foro para descubrir algunas de las ventajas de usar un motor de bases de datos como MySQL.
PD: podés chequear este enlace:
http://www.mysql-hispano.org