Yo tambien uso PHPmailer pero no tengo ningun problema, a continuacion te muestro la parte de codigo que yo implemento para que los mails lleguen con formato:
require("phpmailer/class.phpmailer.php");
$mail = new PHPMailer();
$mail->IsSMTP(); // send via SMTP
$mail->Host = "localhost"; // SMTP servers
$mail->SMTPAuth = false; // turn on SMTP authentication
$mail->Username = ""; // SMTP username
$mail->Password = ""; // SMTP password
$mail->From = "
[email protected]";
$mail->FromName = "Mi Sitio";
$mail->AddAddress("
[email protected]");
$mail->AddReplyTo("
[email protected]","Información");
$mail->WordWrap = 50; // set word wrap
$mail->AddAttachment("/var/tmp/file.tar.gz"); // attachment
$mail->AddAttachment("/tmp/image.jpg", "new.jpg");
$mail->IsHTML(true); //send as HTML
$mail->Subject = "Mi Subject";
Con tan solo configurar PHPmailer de esta menera, yo no tengo ningun problema, espero que este codigo pueda ayudarte a verificar que puedas tener mal.
Saludos