Eso no es correcto, no deben haber campos dentro de un mismo formulario con el mismo nombre, a no ser que sean de tipo radio.
Asígnales un nombre distinto aunque sea agregándoles un número al final del name
Si estás haciendo un bucle, antes del bucle inicializa una variable a 0
Dim contador
contador = 0
do while not..... etc.
contador = contador + 1
y a la hora de escribir el name del campo le agregas detrás la variable contador
<input type="checkbox" name="checkeado<%=contador%>"
No sé si estarás usando un response.write, cambia la sintaxis en caso necesario.
Luego entonces puedes crear la sentencia sql recogiendo los valores de los campos usando un for each n in request.form
Yo creo que eso sería lo más adecuado.
Si no, también podrías recoger el valor 'Valor1,Valor2' y aplicarle un split() y luego mediante un bucle escribir las variables en la sentencia sql sacando los valores del array devuelto por el split()
no sé si logré explicarme...
Igual, tu consulta estará mejor ubicada en el foro de asp. Traslado el tema a ese foro
movido desde javascript
saludos