En principio lo que hacen esas aplicaciones es ejecutar un pequeño servidor HTTP y PHP en modo CGI al ejecutar tu .exe (y algo similar hace con Mysql) pero .. fijate bien que un CD sólo lees .. así que tener una aplicación en un CD que usa Mysql cuando sólo se van a leer datos de ella tal vez no tenga mucho sentido usar "Mysql" para eso .. tal vez vendría mejor usar XML o similar para facilitar la ejecución sólo desde un CD sin más.
Un ejemplo:
http://www.dwebpro.com/
Un saludo,