Como actualizar el C.F. de 90 paginas .PHP ?

[Cluster]

Deberías haber puesto un ejemplo completo de una de tus páginas ..

Si me hago una idea correcta de lo que tienes sería:

pagina_de_comandos.php
$hoja_de_estilo='<link rel="stylesheet" type="text/css" href="mi_estilo.css">';

Y en cada pagina.php
include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/pagina_de_comandos.php');

Si es así .. pues está bien. Supongo que la lógica de "pagina_de_comandos.php" decidirá bajo alguna variable que valor ha de tomar o bien generas ese "pagina_de_comandos.php" dinámicamente si cambia la configuración o lees ese valor de alguna consulta a tu BD o de una cookie/sesión:

$hoja_de_estilo='<link rel="stylesheet" type="text/css" href="mi_estilo.css">';

Pero .. yo no usaría todo ese HTML en $hoja_de_estilo .. sino sólo el valor de mi_estilo.css que es al final lo que va a ser variable realmente.

Algo tipo: (en tu pagina_de_comandos.php)
$hoja_de_estilo='nose.css';

Y en el resto de páginas:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<? echo $hoja_de_estilo ?>">

Un saludo,