Podrías usar las funciones (u objetos predefinidos):
www.php.net/dir www.php.net/opendir (y afines)
En los comentarios de los usuarios tienes ejemplos incluso para recorrer directorios con subdirectorios de forma recursiva.
Si sólo necesitas tener una lista de directorios (con o sin leer subdirectorios) .. usa un array -> lo lees con un foreach() y lo aplicas a los ejemplos que veras para "dir" u "opendir":
Código PHP:
$directorios=array("/nose/tal/imagenes","/nose/tal/otrodir");
foreach ($directorios as $directorio){
// le pasas $directorio a tu función que hagas para leer/contar archivos en ese directorio (con o sus subdirectorios).
}
Un saludo,