Declaras tu control de ésta forma_
Protected WithEvents
wuc1 As WebUserControl1
..
...
..
Private Sub Page_Init(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Init
InitializeComponent()
...
..
wuc1 = Page.LoadControl("WebUserControl1.ascx")
Panel1.Controls.Add(wuc1)
End Sub
Y donde desees mandas a llamar a tu variable (por decirlo así) wuc1
wuc1.propiedad = "xxx"
Salu2