Hola,
Haz la prueba, configura tu programa para enviar la web de tu competencia
Mas en serio, si solo son 2 veces espaciadas en el tiempo no creo que tengas ningun problema. Otra cosa es que bombardees con muchas altas automaticas (de la misma URL o de varias) a un pobre buscador en un corto espacio de tiempo. Google puede que se mosquee si recibe cien solicitudes de cien paginas en 1 segundo desde la misma IP.
Quizas con los directorios si tengas problemas, a veces los editores humanos son mas quisquillosos que los programas de ordenador.
De todas formas, los buscadores/directorios importantes son pocos, asi que el alta manual tampoco es tan tediosa. Muchos buscadores no necesitan un alta, te encuentran ellos solos, asi que son todavia menos. Y muchos de los cientos o miles de buscadores a donde te dan de alta esos programas posiblemente nunca te den ninguna visita.
Saludos.