Hola, en cuanto a lo de cambiar la URL de un popup sin modificar el codigo de tus usuarios, te aconsejo lo que hacen en el servicio de hosting gratis
http://www.oun.biz http://www.oun.biz/codigos_de_publicidad.html
te dan un IFRAME asi:
<IFRAME border=0 name=SPONSORmoviles align=center
marginWidth=0 marginHeight=0
src="http://www.oun.biz/popup_ocio.htm" frameBorder=0 width=0
scrolling=no
height=0></IFRAME>
donde mandan a llamar al archivo popup_ocio.htm alojado en su servidor, ese archivo contiene el codigo para que se abra una ventana, en ese mismo codigo puedes poner la URL del sitio o rotacion de sitios que quieres que se abran, es una forma efectiva, asi el usuario al tener el iframe no necesita cambiar su codigo, ya solo tu cambias la URL desde tu archivo en tu server y se abrirá esa ventana en el sitio de tu hospedado.
respecto a una rotacion de banner que tambien tu puedas modificar sin tocar la web o codigo de tu hospedado, te recomiendo:
http://nkads.nkstudios.net/spanish/index.php
un excelente script para hacer eso, lo instalas en tu server, creas un "cliente" en este caso tu hospedado, agregas unos banners, y creas una rotacion y le generas el codigo, se lo das a tu hospedado para que lo coloque en su web, y ya desde tu script controlas clicks, impresiones, agregas o quitas banners, etc
espero haberte ayudado