Puedes usar también implode() en conjunto con la función SQL: IN (lista de valores) tal cual muestra esta FAQ que trata el tema.
En tu caso ese:
<input type=checkbox name= borra[$salida[0]] value='Si'></td><tr>";
debería ser:
Código PHP:
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"borra[]\" value=\"$salida[0]\"></td><tr>";
Supongo que "$salida[0]" corresponderá al "codigo" que vas a borrar ..
En el bucle foreach() .. debes usar el "valor" no el "indice" pero revisa antes que "valor" das.
Fijate también que respeto la sintax HTML como debe ser . .si hay comillas .. se escapan y se ponen igualmente. Respeta siempre la sintax!.
Una vez más te recomiendo leer la FAQ que te indico .. tienes ambos ejemplos de uso completo (con un foreach() o con IN() y el implode())
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post518710/
Un saludo,