Sube tus imagenes con un formulario con dos campos FILE .. uno con un nombre y el otro con otro.
Ejemplo
<input type="file" name="flash">
<input type="file" name="jpg">
y en el script PHP de proceso .. mueves una y otra a donde corresponda con:
move_uploaded_file($_FILES['flash']['tmp_name'],"destino1/".$_FILES['flash']['name']);
move_uploaded_file($_FILES['jpg']['tmp_name'],"destino2/".$_FILES['jpg']['name']);
Así subes tus dos archivos y los mueves donde corresponda.
más info y detalles:
http://www.php.net/manual/es/features.file-upload.php
Un saludo,