Hola GermanBsAs:
Para hacer que se retarde algo hay que usar setTimeout, y para ocultar/mostrar hay que usar estilos (visibility o display)
Si la capa se llama "capa" sería algo así:
setTimeout("document.getElementById('capa').style. visibility = 'hidden'" 1000);
El primer parámetro es una cadena con lo que se quiere hacer, y el segundo parámetros un número de milisegundos que tardará en ejecutarse el primer parámetro...
Saludos
